Historie do ruské okupace
Původ Kyrgyzů není dodnes zcela objasněn. Patří do mongoloidní rasy a jejich jazyk je podobný kazašskému. Turkické kmeny přišly do oblasti v 6. století. Na začátku 13. století původní obyvatelstvo ustoupilo do hor, protože zemí se převalila ohromná armáda vedená Čingischánem. Od 16. století už vystupují Kyrgyzové jako samostatný národ. Kyrgyzové vedli kočovný způsob života a živili se hlavně jako pastevci. Pro carské Rusko bylo velice snadné pastevce porazit a v roce 1876 se stalo území Kyrgyzstánu součástí ruského Turkestánu. Mnoho obyvatel uteklo do Číny. V roce 1878 bylo založeno pozdější hlavní město státu Biškek.
Sovětské období
Po bolševické revoluci v roce 1917 nastala v zemi nucená kolektivizace. Ta zcela zbořila tradiční kočovný život Kyrgyzů. V roce 1924 bylo území ustanoveno jako autonomní pod správou sovětského Ruska. Nakonec v roce 1936 vznikla v rámci sovětského Ruska Kyrgyzská sovětská socialistická republika, která dala zemi dnešní hranice. Při sčítání lidu z roku 1989 tvořili Kyrgyzové málo přes polovinu populace. Silnou menšinou jsou Rusové a Uzbeci. V roce 1990 propukly v západní oblasti státu kolem města Oš etnické nepokoje. Uzbeci, kteří cítili slábnoucí moc rozpadajícího SSSR, povstali proti zde menšinovým Kyrgyzům. Následovala vlna emigrace, a to především Rusů.
Nezávislost
Nezávislá republika Kyrgyzstán vznikla v roce 1991, kdy se rozpadl SSSR. Kyrgyzstán se stal členem Společenství nezávislých států ještě téhož roku. Prvním prezidentem byl Askar Akajev, člen komunistické strany a prezident Akademie věd v Kyrgyzstánu. Akajev zažil velký skandál, když vyšlo najevo, že někteří členové vlády museli podat demisi, protože nebyli kyrgyzstánské národnosti. V roce 1994 bylo vypsáno referendum o setrvání Akajeva ve funkci prezidenta. Pro setrvání hlasovalo přes 96 % voličů. V roce 1995 byl Akajev zvolen prezidentem na dalších pět let. Jeho kampani napomáhala státem řízená média. Tři z šesti opozičních kandidátů odstoupili už před volbami, takže volby nelze považovat za zcela demokratické a svobodné. Další referendum proběhlo v roce 1996, kdy si Akajev posílil své pravomoci ve státě. Referendem v roce 1998 změnil Akajev ústavu státu. Snížil počet poslanců v parlamentu, zrušil jejich imunitu, zrušil zákon o svobodě slova a svobodě tisku a
ovládl veškerá média v zemi.
Tulipánová revoluce
Parlamentní volby v roce 2000 byly za účasti pozorovatelů z OSCE. Zjistili, že opoziční kandidáti nemají žádný prostor v médiích a vláda se je snaží všemožně znevýhodňovat. Volby byly označeny za nesvobodné. Další prezidentské volby téhož roku vyhrál očekávaně Akajev. V únoru a březnu 2005 proběhly volby do parlamentu opět za účasti pozorovatelů z OSCE. Pozorovatelé hlásili splnění základních podmínek svobodných voleb. To už ale v zemi začaly nepokoje a demonstrace požadující od Akajeva odstoupení z čela státu. Nepokoje se zvrhly v revoluci, která bývá označována jako Tulipánová revoluce. Patří do seznamu barevných revolucí, které proběhly v zemích bývalého SSSR (Oranžová revoluce na Ukrajině 2004, Růžová revoluce v Gruzii 2003). Akajev uprchl ze země do Kazachstánu. Premiér Nikolaj Tanajev rezignoval v okamžiku, kdy opozice ovládla média a policie se buď rozprchla nebo se přidala k protestujícím. Protesty v některých částech hlavního města přerostly v rabování. Nově vypsané volby v červnu 2005 vyhrála opozice. Premiérem se stal Felix Kulov a prezidentem Kurmanbek Bakijev. V roce 2006 vyšla nová ústava, podle které ztrácí prezident podstatnou část svých pravomocí.